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En 1941, peu avant l’entrée en guerre du Japon, Pedro Arrupe est incarcéré pendant un mois et demi, soupçonné d’espionnage. Ce temps en prison est dur, tant par les privations que par l’inconnue de son sort.

En 1981, Arrupe est frappé par une thrombose cérébrale, qui lui fait perdre l’usage de la parole et de la mobilité. Les épreuves avaient déjà commencé bien avant : incompréhensions avec le Vatican au moment de la 32ème Congrégation générale ; refus de sa démission qu’il avait présentée et clarifications demandée à la Compagnie ; nomination d’un délégué…

« Pour Arrupe, l’eucharistie est un lieu privilégié. Elle est au cœur même de sa vie. Il la célèbre au lever du jour dans sa « cathédrale », une petite chapelle privée. Il y reste parfois deux heures. Ensuite, il assiste à la célébration pour les frères de la Curie. (…) Arrupe ne saurait s’imaginer un seul jour…

Neuf ans après avoir été élu supérieur général, Pedro Arrupe convoque une congrégation générale afin de « redéfinir la mission des jésuites aujourd’hui ». Entre autres, la congrégation insiste sur le lien nécessaire entre la foi et la lutte contre l’injustice et la pauvreté.

Devenu supérieur provincial du Japon, Pedro Arrupe donne à la province japonaise de se déployer ; elle triplera ses effectifs en quelques années[1]. En 1965, il est élu supérieur général des Jésuites. Par son charisme, il introduit un nouveau style, plus communicatif ; il apporte un vent de fraîcheur.

L’expérience de Lourdes a été déterminante dans le chemin vocationnel de Pedro Arrupe. L’année suivante, il interrompt ses études de médecine pour entrer au noviciat.